Câu lạc bộ được thành lập vào năm 1943.[1] Trận đấu đầu tiên được chơi bởi Nantes với tư cách là một đội chuyên nghiệp đã diễn ra tại Stade Olympique de Colombiaes với CA Paris, nơi Nantes chiến thắng 2-0. Trận đấu đầu tiên trên sân nhà là thất bại với cùng tỷ số trước Troyes. Câu lạc bộ đã kết thúc vị trí thứ năm vào cuối mùa giải đầu tiên sau đó quản lý của câu lạc bộ Aimé Nuic rời câu lạc bộ sau một cuộc tranh chấp, và đã được Antoine Raab, người tiếp quản vai trò huấn luyện viên. Sau khi thắng 16 trận liên tiếp, Nantes thua 9-0 trước Sochaux.   [ <span title="This claim needs references to reliable sources. (October 2016)">cần dẫn nguồn</span> ]

Vào tháng 7 năm 1991, câu lạc bộ tái lập Jean-Claude Suaudeau, và vào tháng 7 năm 1992, sau khi trải qua hai tuần ở giải hạng hai do một quyết định hành chính của DNCG (cơ quan quản lý tài chính của bóng đá Pháp), FC Nantes được đổi tên thành FC Nantes Atlantique, và đã có thể chiếm vị trí của nó trong giải đấu cao nhất trở lại. Họ đã giành chức vô địch Pháp năm 1994/95 [2] và năm 2000/01. Năm 2005, Nantes tránh được việc xuống hạng trong ngày cuối cùng của mùa giải bằng cách đánh bại Metz với tỷ số 1-0.[3] Vào năm 2007, Nantes đã xếp cuối cùng ở Ligue 1 và bị xuống hạng ở Ligue 2 sau khi trải qua 44 mùa giải liên tiếp ở Ligue 1. Vào năm 2008, Nantes đã được thăng hạng trở lại Ligue 1 ở lần thử đầu tiên nhưng mùa giải tiếp theo họ bị xuống hạng trở lại Ligue 2 sau khi kết thúc thứ 19 trên BXH. Sau khi trải qua 3 mùa giải ở Ligue 2, Nantes một lần nữa được thăng hạng lên Ligue 1 vào năm 2013. Trong mùa giải đầu tiên của họ trở lại trong giải đấu hàng đầu, Nantes trụ hạng khi kết thúc thứ 13 trên bảng xếp hạng. Sau hai năm ổn định, ở mùa giải Ligue 1 2016/2017, Nantes đã hoàn thành thứ 7 trên bảng xếp hạng. Mùa giải 2017/2018, cựu huấn luyện viên của Leicester City, Claudio Ranieri, tiếp quản vị trí HLV và sau 10 trận phụ trách, ông đưa Nantes đứng thứ 3 trên bàn chỉ sau 2 đội bóng chi tiêu lớn Paris Saint-Germain và AS Monaco.[4][5] Trong nửa sau của mùa giải 2017/2018, Nantes chỉ giành được 3 trận thắng và đứng thứ 9 trên BXH. Claudio Ranieri cũng tuyên bố rời khỏi câu lạc bộ chỉ sau một mùa giải.[6][7]

Mùa giải 2018/2019, Nantes bổ nhiệm Vahid Halilhodžić làm quản lý mới. Vào tháng 1 năm 2019, câu lạc bộ đã rung chuyển bởi tin tức rằng cựu cầu thủ Emiliano Sala đã chết trong một vụ tai nạn máy bay trên Kênh Anh. Nantes sẽ kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 12. Câu lạc bộ được có một mùa giải hỗn hợp với điểm nổi bật là một chiến thắng buồn bã trước Paris Saint-Germain và cũng tuyên bố chiến thắng trước Marseille và Lyon.[8][9]